U900 – Cancer et génome : bioinformatique, biostatistiques et épidémiologie

Notre unité étudie différents aspects de la pathologie cancéreuse en s’intéressant aux mécanismes moléculaires et cellulaires sous-jacents: l’initiation (etiologie, en modélisant l’interaction entre gènes et environnement), le développement et la progression tumorale (inférence et modélisation des réseaux de gènes et protéines impliqués, analysie des phénotypes par imagerie), et l’amélioration des stratégies thérapeutiques (diagnostic, pronostic, conception et analyse d’essais cliniques, identification de cibles thérapeutiques, crible virtuel de molécules thérapeutiques).

Nos projets de recherche sont conduits en collaboration étroite avec biologistes et cliniciens, et comprennent toujours une combinaison d’approches expérimentales et théoriques, qui s’enchaînent en des cycles itératifs de la biologie humide aux modèles mathématiques et inversement, menant in fine à des modèles validés et donc prédictifs Ils s’appuient sur les nouvelles technologies à haut-débit aux niveaux moléculaire et cellulaire (spectrométrie, biopuces, phénotypage cellulaire, séquençage de nouvelle génération) et utilisent des méthodes innovantes d’intégration de données, de biologie des systèmes, d‘analyse statistique, d’apprentissage statistique, d’étude de la complexité, de modélisation de réseau, de criblage virtuel et d’analyse d’images.

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Publications clés

Année de publication : 2021

Pavel Mozgunov, Xavier Paoletti, Thomas Jaki (2021 Jan 7)

A benchmark for dose-finding studies with unknown ordering.

Biostatistics (Oxford, England) : DOI : kxaa054

Année de publication : 2020

Racha Chouaib, Adham Safieddine, Xavier Pichon, Arthur Imbert, Oh Sung Kwon, Aubin Samacoits, Abdel-Meneem Traboulsi, Marie-Cécile Robert, Nikolay Tsanov, Emeline Coleno, Ina Poser, Christophe Zimmer, Anthony Hyman, Hervé Le Hir, Kazem Zibara, Marion Peter, Florian Mueller, Thomas Walter, Edouard Bertrand (2020 Aug 14)

A Dual Protein-mRNA Localization Screen Reveals Compartmentalized Translation and Widespread Co-translational RNA Targeting.

Developmental cell : 773-791.e5 : DOI : S1534-5807(20)30584-0
Pavel Mozgunov, Thomas Jaki, Xavier Paoletti (2020 Jun 13)

Using a dose-finding benchmark to quantify the loss incurred by dichotomization in Phase II dose-ranging studies.

Biometrical journal. Biometrische Zeitschrift : 1717-1729 : DOI : 10.1002/bimj.201900332
Alessandra Meddis, Paul Blanche, François C Bidard, Aurélien Latouche (2020 Apr 28)

A covariate-specific time-dependent receiver operating characteristic curve for correlated survival data.

Statistics in medicine : DOI : 10.1002/sim.8550

Année de publication : 2019

Alessandra Meddis, Aurélien Latouche, Bingqing Zhou, Stefan Michiels, Jason Fine (2019 Dec 10)

Meta-analysis of clinical trials with competing time-to-event endpoints.

Biometrical journal. Biometrische Zeitschrift : DOI : 10.1002/bimj.201900103
Peter C Austin, Aurélien Latouche, Jason P Fine (2019 Oct 30)

A review of the use of time-varying covariates in the Fine-Gray subdistribution hazard competing risk regression model.

Statistics in medicine : DOI : 10.1002/sim.8399