U900 – Cancer et génome : bioinformatique, biostatistiques et épidémiologie

Notre unité étudie différents aspects de la pathologie cancéreuse en s’intéressant aux mécanismes moléculaires et cellulaires sous-jacents: l’initiation (etiologie, en modélisant l’interaction entre gènes et environnement), le développement et la progression tumorale (inférence et modélisation des réseaux de gènes et protéines impliqués, analysie des phénotypes par imagerie), et l’amélioration des stratégies thérapeutiques (diagnostic, pronostic, conception et analyse d’essais cliniques, identification de cibles thérapeutiques, crible virtuel de molécules thérapeutiques).

Nos projets de recherche sont conduits en collaboration étroite avec biologistes et cliniciens, et comprennent toujours une combinaison d’approches expérimentales et théoriques, qui s’enchaînent en des cycles itératifs de la biologie humide aux modèles mathématiques et inversement, menant in fine à des modèles validés et donc prédictifs Ils s’appuient sur les nouvelles technologies à haut-débit aux niveaux moléculaire et cellulaire (spectrométrie, biopuces, phénotypage cellulaire, séquençage de nouvelle génération) et utilisent des méthodes innovantes d’intégration de données, de biologie des systèmes, d‘analyse statistique, d’apprentissage statistique, d’étude de la complexité, de modélisation de réseau, de criblage virtuel et d’analyse d’images.

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Publications clés

Année de publication : 2019

Collier Olivier, Stoven Véronique, Vert Jean-Philippe (2019 Sep 25)

A Single- and Multitask Machine Learning Algorithm for the Prediction of Cancer Driver Genes

Plos Computational Biology
Slim L., Chatelain C., Azencott C.A., Vert J.P. (2019 Jun 1)

kernelPSI: a Post-Selection Inference Framework for Nonlinear Variable Selection

International Conference on Machine LearningInternational Conference on Machine Learning : 5857-5865
PONS-TOSTIVINT Elvire, LATOUCHE Aurélien, VAFLARD Pauline, RICCI Francesco, LOIRAT Delphine, HESCOT Ségolène, SABLIN S Marie-Paule, ROUZIER Roman, KAMAL Maud, MOREL Claire, LECERF Charlotte, SERVOIS Vincent, PAOLETTI Xavier, LE TOURNEAU Christophe (2019 Feb 6)

Comparative Analysis of Durable Responses on Immune Checkpoint Inhibitors Versus Other Systemic Therapies: A Pooled Analysis of Phase III Trials

JCO Precision Oncology : DOI : 10.1200/PO.18.00114
Peter Naylor, Marick Lae, Fabien Reyal, Thomas Walter (2019 Feb 5)

Segmentation of Nuclei in Histopathology Images by Deep Regression of the Distance Map.

IEEE Transactions on Medical Imaging : 448-459 : DOI : 10.1109/TMI.2018.2865709

Année de publication : 2018

Aubin Samacoits, Racha Chouaib, Adham Safieddine, Abdel-Meneem Traboulsi, Wei Ouyang, Christophe Zimmer, Marion Peter, Edouard Bertrand, Thomas Walter, Florian Mueller (2018 Nov 4)

A computational framework to study sub-cellular RNA localization.

Nature Communications : 4584 : DOI : 10.1038/s41467-018-06868-w
Tom Baladi, Jessy Aziz, Florent Dufour, Valentina Abet, Véronique Stoven, François Radvanyi, Florent Poyer, Ting-Di Wu, Jean-Luc Guerquin-Kern, Isabelle Bernard-Pierrot, Sergio Marco Garrido, Sandrine Piguel (2018 Nov 1)

Design, synthesis, biological evaluation and cellular imaging of imidazo[4,5-b]pyridine derivatives as potent and selective TAM inhibitors.

Bioorganic & medicinal chemistry : 26 : 5510-5530 : DOI : 10.1016/j.bmc.2018.09.031