U900 – Cancer et génome : bioinformatique, biostatistiques et épidémiologie

Notre unité étudie différents aspects de la pathologie cancéreuse en s’intéressant aux mécanismes moléculaires et cellulaires sous-jacents: l’initiation (etiologie, en modélisant l’interaction entre gènes et environnement), le développement et la progression tumorale (inférence et modélisation des réseaux de gènes et protéines impliqués, analysie des phénotypes par imagerie), et l’amélioration des stratégies thérapeutiques (diagnostic, pronostic, conception et analyse d’essais cliniques, identification de cibles thérapeutiques, crible virtuel de molécules thérapeutiques).

Nos projets de recherche sont conduits en collaboration étroite avec biologistes et cliniciens, et comprennent toujours une combinaison d’approches expérimentales et théoriques, qui s’enchaînent en des cycles itératifs de la biologie humide aux modèles mathématiques et inversement, menant in fine à des modèles validés et donc prédictifs Ils s’appuient sur les nouvelles technologies à haut-débit aux niveaux moléculaire et cellulaire (spectrométrie, biopuces, phénotypage cellulaire, séquençage de nouvelle génération) et utilisent des méthodes innovantes d’intégration de données, de biologie des systèmes, d‘analyse statistique, d’apprentissage statistique, d’étude de la complexité, de modélisation de réseau, de criblage virtuel et d’analyse d’images.

Publications clés

Année de publication : 2017

Manuela Portoso, Roberta Ragazzini, Živa Brenčič, Arianna Moiani, Audrey Michaud, Ivaylo Vassilev, Michel Wassef, Nicolas Servant, Bruno Sargueil, Raphaël Margueron (2017 Feb 8)

PRC2 is dispensable for HOTAIR-mediated transcriptional repression.

The EMBO journal : DOI : e201695335
Maud Borensztein, Laurène Syx, Katia Ancelin, Patricia Diabangouaya, Christel Picard, Tao Liu, Jun-Bin Liang, Ivaylo Vassilev, Rafael Galupa, Nicolas Servant, Emmanuel Barillot, Azim Surani, Chong-Jian Chen, Edith Heard (2017 Jan 31)

Xist-dependent imprinted X inactivation and the early developmental consequences of its failure.

Nature structural & molecular biology : DOI : 10.1038/nsmb.3365

Année de publication : 2016

Daniela Chmiest, Nanaocha Sharma, Natacha Zanin, Christine Viaris de Lesegno, Massiullah Shafaq-Zadah, Vonick Sibut, Florent Dingli, Philippe Hupé, Stephan Wilmes, Jacob Piehler, Damarys Loew, Ludger Johannes, Gideon Schreiber, Christophe Lamaze (2016 Dec 6)

Spatiotemporal control of interferon-induced JAK/STAT signalling and gene transcription by the retromer complex.

Nature communications : 13476 : DOI : 10.1038/ncomms13476
Wael Jdey, Sylvain Thierry, Christophe Russo, Flavien Devun, Muthana Al Abo, Patricia Noguiez-Hellin, Jian-Sheng Sun, Emmanuel Barillot, Andrei Zinovyev, Inna Kuperstein, Yves Pommier, Marie Dutreix (2016 Aug 26)

Drug Driven Synthetic Lethality: bypassing tumor cell genetics with a combination of Dbait and PARP inhibitors.

Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research : DOI : clincanres.1193.2016

Année de publication : 2015

Natasha Zamudio, Joan Barau, Aurélie Teissandier, Marius Walter, Maté Borsos, Nicolas Servant, Déborah Bourc'his (2015 Jun 26)

DNA methylation restrains transposons from adopting a chromatin signature permissive for meiotic recombination.

Genes & development : 1256-70 : DOI : 10.1101/gad.257840.114
Servant N., Varoquaux N., Lajoie B.R., Viara E., Chen C.J., Vert J.P., Heard E., Dekker J., Barillot E. (2015 Jan 1)

HiC-Pro: an optimized and flexible pipeline for Hi-C data processing

Genome biology : 16 : 1