U900 – Cancer et génome : bioinformatique, biostatistiques et épidémiologie

Notre unité étudie différents aspects de la pathologie cancéreuse en s’intéressant aux mécanismes moléculaires et cellulaires sous-jacents: l’initiation (etiologie, en modélisant l’interaction entre gènes et environnement), le développement et la progression tumorale (inférence et modélisation des réseaux de gènes et protéines impliqués, analysie des phénotypes par imagerie), et l’amélioration des stratégies thérapeutiques (diagnostic, pronostic, conception et analyse d’essais cliniques, identification de cibles thérapeutiques, crible virtuel de molécules thérapeutiques).

Nos projets de recherche sont conduits en collaboration étroite avec biologistes et cliniciens, et comprennent toujours une combinaison d’approches expérimentales et théoriques, qui s’enchaînent en des cycles itératifs de la biologie humide aux modèles mathématiques et inversement, menant in fine à des modèles validés et donc prédictifs Ils s’appuient sur les nouvelles technologies à haut-débit aux niveaux moléculaire et cellulaire (spectrométrie, biopuces, phénotypage cellulaire, séquençage de nouvelle génération) et utilisent des méthodes innovantes d’intégration de données, de biologie des systèmes, d‘analyse statistique, d’apprentissage statistique, d’étude de la complexité, de modélisation de réseau, de criblage virtuel et d’analyse d’images.

Publications clés

Année de publication : 2016

Wael Jdey, Sylvain Thierry, Christophe Russo, Flavien Devun, Muthana Al Abo, Patricia Noguiez-Hellin, Jian-Sheng Sun, Emmanuel Barillot, Andrei Zinovyev, Inna Kuperstein, Yves Pommier, Marie Dutreix (2016 Aug 26)

Drug Driven Synthetic Lethality: bypassing tumor cell genetics with a combination of Dbait and PARP inhibitors.

Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research : DOI : clincanres.1193.2016

Année de publication : 2014

Elsa Bernard, Laurent Jacob, Julien Mairal, Jean-Philippe Vert (2014 May 9)

Efficient RNA isoform identification and quantification from RNA-Seq data with network flows.

Bioinformatics (Oxford, England) : 2447-55 : DOI : 10.1093/bioinformatics/btu317
Daniel J Park, Kayoko Tao, Florence Le Calvez-Kelm, Tu Nguyen-Dumont, Nivonirina Robinot, Fleur Hammet, Fabrice Odefrey, Helen Tsimiklis, Zhi L Teo, Louise B Thingholm, Erin L Young, Catherine Voegele, Andrew Lonie, Bernard J Pope, Terrell C Roane, Russell Bell, Hao Hu, Shankaracharya, Chad D Huff, Jonathan Ellis, Jun Li, Igor V Makunin, Esther M John, Irene L Andrulis, Mary B Terry, Mary Daly, Saundra S Buys, Carrie Snyder, Henry T Lynch, Peter Devilee, Graham G Giles, John L Hopper, Bing-Jian Feng, Fabienne Lesueur, Sean V Tavtigian, Melissa C Southey, David E Goldgar (2014 May 2)

Rare mutations in RINT1 predispose carriers to breast and Lynch syndrome-spectrum cancers.

Cancer discovery : 804-15 : DOI : 10.1158/2159-8290.CD-14-0212
Maia Chanrion, Inna Kuperstein, Cédric Barrière, Fatima El Marjou, David Cohen, Danijela Vignjevic, Lev Stimmer, Perrine Paul-Gilloteaux, Ivan Bièche, Silvina Dos Reis Tavares, Giuseppe-Fulvio Boccia, Wulfran Cacheux, Didier Meseure, Silvia Fre, Loredana Martignetti, Patricia Legoix-Né, Elodie Girard, Luc Fetler, Emmanuel Barillot, Daniel Louvard, Andreï Zinovyev, Sylvie Robine (2014 Apr 9)

Concomitant Notch activation and p53 deletion trigger epithelial-to-mesenchymal transition and metastasis in mouse gut.

Nature communications : 5005 : DOI : 10.1038/ncomms6005
Ferhat Ay, Evelien M Bunnik, Nelle Varoquaux, Sebastiaan M Bol, Jacques Prudhomme, Jean-Philippe Vert, William Stafford Noble, Karine G Le Roch (2014 Mar 26)

Three-dimensional modeling of the P. falciparum genome during the erythrocytic cycle reveals a strong connection between genome architecture and gene expression.

Genome research : 974-88 : DOI : 10.1101/gr.169417.113

Année de publication : 2013

Veronika Graml, Xenia Studera, Jonathan L D Lawson, Anatole Chessel, Marco Geymonat, Miriam Bortfeld-Miller, Thomas Walter, Laura Wagstaff, Eugenia Piddini, Rafael E Carazo-Salas (2013 Nov 2)

A genomic Multiprocess survey of machineries that control and link cell shape, microtubule organization, and cell-cycle progression.

Developmental cell : 227-39 : DOI : 10.1016/j.devcel.2014.09.005