Génomique

Missions et activités

La plate-forme de génomique fournit à des équipes de recherches fondamentales, translationnelles, médicales, des outils technologiques à haut débit pour analyser la structure et l’expression de gènes dans divers organismes, modèles cellulaires et tumeurs.

Les altérations structurales des génomes, comme les mutations, les gains, les amplifications, la perte de régions génomiques, les polymorphismes, les déséquilibres alléliques, la perte d’hétérozygotie sont identifiées à l’aide de puces SNP d’Affymetrix, d’outils Nanostring, ou par des techniques de séquençage de Sanger ou de qPCR.

L’expression des gènes est complexe et peut être adressée à plusieurs niveaux. Les ARN codants ou non pour les protéines peuvent être quantifiés à l’aide de puces Affymetrix pour une analyse pan-génomique ou en utilisant les approches de multiplexage NanoString jusqu’au niveau exonique, voire par qPCR en fonction du nombre d’échantillons et de marqueurs à quantifier. La plate-forme analyse la régulation de l’expression des gènes en quantifiant les micro ARN, les ARN fonctionnel non codant et d’autres types spécifiques d’ARN, qui modulent l’expression des gènes à différents niveaux (transcription et traduction). Ces quantifications sont effectuées en utilisant des puces Affymetrix ou via un multiplexage NanoString.

Des techniques de quantification de certains marqueurs épigénétiques ont été testées pour répondre à des demandes internes (méthode OxBS développée par Cambridge Epigenetix). Des techniques d’analyses de conformation de la chromatine (in situ HiC) sont également mises en œuvre (Mélanome Uvéal, Pr E. Heard lab).

En outre, la plate-forme analyse des échantillons dans le cadre de plusieurs essais cliniques ou sur demande de biologistes, dans le domaine du cancer et des maladies rares. L’ADN et l’ARN sont analysés quotidiennement sur des outils dédiés: puces pangénomiques, signatures transcriptomiques pour le typage des médulloblastomes et cancers du sein (Prosigna Pam50). Un accord a été mis en place avec Nanostring pour être une plateforme de référence en Europe pour les tests Prosigna.

La plate-forme participe également à des projets internationaux et à des collaborations avec des partenaires publics ou privés. Une collaboration avec Prédilife (société développant des solutions innovantes de prédiction de risque de pathologies) a été signée en 2019 et permet la réalisation des analyses génétiques du test nouvelle génération de prédiction du cancer du sein MammoRisk.

Enfin d’autres approches complémentaires sont proposées aux équipes qui souhaitent que leurs échantillons soient préparés par la plateforme ou enrichis par microdissection laser. De nouvelles activités de génomique peuvent etre évaluées puis mises en place selon les besoins des équipes.

Services

  • Conseil en génomique.
  • Préparation d’échantillon (cryo-section, microdissection laser, purification d’acides nucleiques).
  • Analyse Génomique (genome wide par analyse en micorarray, analyse de mutations ponctuelles, de polymorphismes)
  • Analyse Transcriptomique: de genome entier, or analyse ciblée (Nanostring), test de signature transcriptomique.
  • Analyse de la régulation de l’expression des gènes: miRNA, ncRNA, analyse de la méthylation (OxBS), analyse de la conformation de la chromatine.

Publications clés

Année de publication : 2019

Marina Pinskaya, Zohra Saci, Mélina Gallopin, Marc Gabriel, Ha Tn Nguyen, Virginie Firlej, Marc Descrimes, Audrey Rapinat, David Gentien, Alexandre de la Taille, Arturo Londoño-Vallejo, Yves Allory, Daniel Gautheret, Antonin Morillon (2019 Nov 17)

Reference-free transcriptome exploration reveals novel RNAs for prostate cancer diagnosis.

Life science alliance : DOI : e201900449
Joke G van Bemmel, Rafael Galupa, Chris Gard, Nicolas Servant, Christel Picard, James Davies, Anthony James Szempruch, Yinxiu Zhan, Jan J Żylicz, Elphège P Nora, Sonia Lameiras, Elzo de Wit, David Gentien, Sylvain Baulande, Luca Giorgetti, Mitchell Guttman, Jim R Hughes, Douglas R Higgs, Joost Gribnau, Edith Heard (2019 May 29)

The bipartite TAD organization of the X-inactivation center ensures opposing developmental regulation of Tsix and Xist.

Nature genetics : DOI : 10.1038/s41588-019-0412-0

Année de publication : 2017

Roman Rouzier, Aurelie Roulot, Arthur H Jeiranian, Namratha Ram, Jean Marc Guinebretiere, Anne Vincent Salomon, David Gentien (2017 Jan 11)

Denaturing fixatives are compatible with the NanoString nCounter(®) platform and the Prosigna(®) assay.

New biotechnology : 37-41 : DOI : S1871-6784(16)32312-3
toutes les publications