Centre d’Imagerie Multimodale (US43-UMS2016)

Pôle Analyse et Traitement d’Images

 

Expert de l’analyse des images issues de la microscopie photonique, de la microscopie électronique et/ou de la microscopie ionique, nous aidons tout utilisateur à trouver les meilleures approches de traitement et d’analyse des données.

Ces demandes sont étudiées après l’acquisition des données ou avant l’acquisition pour optimiser les futures expériences. Nous proposons soit d’utiliser des solutions déjà existantes (macro ou plugin ImageJ développés par nos soins ou par d’autres équipes, autre logiciel…), soit de développer des analyses spécifiques et adaptées.

Pour toute demande d’aide au traitement d’image merci de nous contacter par courriel


Offres de service :

Aide à l’automatisation du traitement des images à l’aide de macros pour le logiciel ImageJ / FIJI.

Exemples d’automatisations développées :

  • Comptage de cellules
  • Comptage des foci dans des noyaux et/ou cytoplasmes
  • Suivi des trajectoires de protéines dans des séries temporelle (croissance de microtubules, transport…)
  • Evaluation de l’expression de gènes en fonction de mutations ou de la présence d’un composé (chimique, enzymatique…)
  • Colocalisation des protéines
  • Mesure de surface de tissus tumoraux sur coupes histologiques

Ecriture de nouveaux plugins pour ImageJ sous condition de collaboration (contrat spécifique ou publication).

Exemples réalisés récemment :

  • FIB-SEM: correction d’artéfacts d’acquisition en FIB-SEM et inpainting des plans qui ne peuvent pas être corrigés
  • Reconstruction hélicoïdale (microtubules): TubuleJ

Mise à disposition de plusieurs plugins pour ImageJ déjà développé par la plateforme :

  • Tomographie: TomoJ, EFTEM-TomoJ, MMXI

Formation des utilisateurs au traitement et analyse des images.

Les ingénieurs de la plateforme organisent et participent à plusieurs formations tout au long de l’année. Ces formations sont organisées via le CNRS, les Universités ou les réseaux de microscopie.