BioPhenics

BioPhenics est une plateforme de criblage cellulaire robotisée, axée sur la technologie du criblage cellulaire à haut-contenu (HCS ou high-content screening) qui travaille à la miniaturisation des tests biologiques, dans le but de les utiliser pour décrire finement l’ensemble des dérèglements cellulaires entraînés par des « perturbateurs » présents dans les chimiothèques ou siRNAthèques. La puissance de criblage cellulaire est ainsi mise au service de l’étude des grandes familles de protéines et de leurs partenaires, dans le contrôle de la physiologie cellulaire et leur implication dans de nombreuses maladies comme les cancers.

L’approche met en jeu :

(i) le développement des tests cellulaires permettant l’identification rapide et à large échelle des protéines marqueurs d’un statut physiologique ou d’une réponse fonctionnelle d’intérêt thérapeutique,

(ii) l’analyse des profils phénotypiques des banques d’ARNs interférants et des chimiothèques en fonction de leur intérêt théorique ou diagnostique/thérapeutique.

Les molécules montrant une activité significative (les «touches» ou «hits») sont testées à nouveau afin de confirmer leur effet sur les cellules. Elles sont ensuite étudiées de façon plus approfondie par des équipes de recherche porteuses du projet, afin de caractériser leur action biologique.

Ainsi, dans des lignées cellulaires à forte pertinence clinique, les criblages de collections de siRNAs et de petites molécules chimiques permettent d’identifier et de valider des cibles et de sélectionner des têtes de séries pharmacologiques.

 

Missions

Notre équipe vient en soutien aux chercheurs et médecins, pour les aider à transposer les connaissances fondamentales sur la cellule vers de possibles nouvelles applications thérapeutiques. A travers des projets de recherche cognitifs et appliqués, nous travaillons ensemble pour :

  1. comprendre les mécanismes biologiques fondamentaux,
  2. identifier des gènes responsables de pathologies humaines,
  3. définir des cibles thérapeutiques, et enfin
  4. trier des petites molécules, tête de série de futurs médicaments.  Le phénotypage cellulaire permettra éventuellement d’en déterminer la cible, mais surtout de décrire l’ensemble des perturbations cellulaires entraînées par le composant ou siRNA testé. Ceci pourrait permettre, lors des phases d’optimisation des molécules, de découpler les effets bénéfiques spécifiques des effets toxiques généraux.

Collaborations : Notre activité est menée en partenariat avec des porteurs de projets via des collaborations scientifiques établies dans le cadre d’appels à projets publiés chaque année (ANR, INCA …). Une discussion préalable avec le porteur de projet nous permet d’évaluer : la faisabilité et la stratégie de criblage à adopter, mais aussi d’évaluer les coûts, les moyens humains à mettre en œuvre et de définir la stratégie de collaboration scientifique la plus adaptée.

Réseaux

  • La plateforme fait partie du réseau européen EuCAI qui regroupe plusieurs laboratoires européens spécialisées dans les technologies du drug discovery.
  • BioPhenics est aussi associée au réseau PICT-IBISA et le réseau français d’imagerie « France Bioimaging ».

Contact

 

Plus d’informations sur le site Biophenics

Publications clés

Année de publication : 2019

Gaelle Boncompain, Nelly Gareil, Sarah Tessier, Aurianne Lescure, Thouis R Jones, Oliver Kepp, Guido Kroemer, Elaine Del Nery, Franck Perez (2019 Nov 5)

BML-265 and Tyrphostin AG1478 Disperse the Golgi Apparatus and Abolish Protein Transport in Human Cells.

Frontiers in cell and developmental biology : 232 : DOI : 10.3389/fcell.2019.00232
Gaelle Boncompain, Floriane Herit, Sarah Tessier, Aurianne Lescure, Elaine Del Nery, Pierre Gestraud, Isabelle Staropoli, Yuko Fukata, Masaki Fukata, Anne Brelot, Florence Niedergang, Franck Perez (2019 Oct 31)

Targeting CCR5 trafficking to inhibit HIV-1 infection.

Science advances : eaax0821 : DOI : 10.1126/sciadv.aax0821
Mathilde Vinet, Samyuktha Suresh, Virginie Maire, Clarisse Monchecourt, Fariba Némati, Laetitia Lesage, Fabienne Pierre, Mengliang Ye, Auriane Lescure, Amélie Brisson, Didier Meseure, André Nicolas, Guillem Rigaill, Elisabetta Marangoni, Elaine Del Nery, Sergio Roman-Roman, Thierry Dubois (2019 Apr 9)

Protein arginine methyltransferase 5: A novel therapeutic target for triple-negative breast cancers.

Cancer medicine : 2414-2428 : DOI : 10.1002/cam4.2114

Année de publication : 2017

Asm Shihavuddin, Sreetama Basu, Elton Rexhepaj, Felipe Delestro, Nikita Menezes, Séverine M Sigoillot, Elaine Del Nery, Fekrije Selimi, Nathalie Spassky, Auguste Genovesio (2017 Jun 1)

Smooth 2D manifold extraction from 3D image stack.

Nature communications : 15554 : DOI : 10.1038/ncomms15554

Année de publication : 2016

Peter Horvath, Nathalie Aulner, Marc Bickle, Anthony M Davies, Elaine Del Nery, Daniel Ebner, Maria C Montoya, Päivi Östling, Vilja Pietiäinen, Leo S Price, Spencer L Shorte, Gerardo Turcatti, Carina von Schantz, Neil O Carragher (2016 Sep 13)

Screening out irrelevant cell-based models of disease.

Nature reviews. Drug discovery : 751-769 : DOI : 10.1038/nrd.2016.175

Année de publication : 2015

Priscille Brodin, Elaine DelNery, Emmanuelle Soleilhac (2015 Mar 4)

[High content screening in chemical biology: overview and main challenges].

Médecine sciences : M/S : 187-96 : DOI : 10.1051/medsci/20153102016
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